Po rozpoczęciu studiów na KUL-u Janusz Krupski wraz z przyjaciółmi Bogdanem Borusewiczem i Piotrem Jeglińskim podejmowali krytyczną dyskusję studencką nad rzeczywistością komunistyczną w Polsce i na świecie. Autorytetami duchowymi i intelektualnymi tego środowiska byli: dominikanin Ludwik Wiśniewski, kierujący Duszpasterstwem Akademickim, oraz Władysław Bartoszewski i Adam Stanowski, prowadzący seminaria i wykłady na KUL-u.
W 1973 roku, pełniąc (od wiosny tego roku) funkcję prezesa Koła Naukowego Historyków Studentów KUL-u, na wiecu studenckim Janusz przeciwstawił się odgórnemu zjednoczeniu organizacji młodzieżowych, a szczególnie powołaniu na KUL-u Socjalistycznego Związku Studentów Polskich jako reprezentacji wszystkich studentów; w sposób otwarty skrytykował wówczas ustrój PRL i jej sojusze. Po powstaniu SZSP wraz z Bogdanem Borusewiczem i Joanną Lubieniecką udał się do prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego, Wielkiego Kanclerza KUL-u, który m.in. po wysłuchaniu ich racji wprowadził zakaz funkcjonowania SZSP na tej uczelni.
Jesienią 1973 roku Krupski został wybrany na stanowisko prezesa Komisji Porozumiewawczej Stowarzyszeń Akademickich KUL /czyli faktycznie samorządu studenckiego/.